Con la publicación esta semana de una serie de artículos en la revista Proceedings of the National Academies of Science (PNAS), donde se describen los objetivos, logros y pasos siguientes del proyecto “Earth BioGenome Proyect” (EBP), se dio inicio a la segunda fase de esta iniciativa de secuenciación genómica global, luego de un período de iniciación y organización que comenzó en 2018.
El Proyecto EBP funciona como una red de redes, en la cual se coordinan numerosas iniciativas de intereses específicos, regionales y nacionales, como el Darwin Tree of Life del Reino Unido, el Vertebrate Genome Project o el Africa Biogenome Project. Desde Latinoamérica, las instituciones que han firmado el acuerdo son las universidades de Chile, Los Andes en Colombia, Autónoma de México y la Fundación de Apoyo a la Investigación del Estado de Sao Paulo.
En nuestro país, la iniciativa 1000 Genomas Chile, cuyo coordinador es el académico de la Facultad de Ciencias de la U. de Chile, Miguel Allende, reúne a cinco agrupaciones científicas y organizaciones de interés que participan aportando secuencias a EBP, entre las que destacan cuatro centros de excelencia alojados en nuestro plantel (Centro de Regulación del Genoma, CRG; Centro de Modelamiento Matemático, CMM; Centro Avanzado en Enfermedades Crónicas, ACCDIS; y el Centro de Gerociencia, Salud Mental y Metabolismo, GERO), además del Instituto Milenio de Biología Integrativa (iBio) de la Pontificia Universidad Católica.
“Nos interesa aportar con la secuenciación de genomas de especies endémicas de Chile, un país con una muy particular biodiversidad, dada nuestra biogeografía única y diversa. Fuimos de los primeros en sumarnos a la iniciativa EBP, ya que nos permite contextualizar nuestros hallazgos con lo que se está haciendo en el resto del mundo y porque nos interesa que este esfuerzo internacional incluya especies endémicas de nuestro país”, afirmó el doctor Allende.
El académico destacó el trabajo del proyecto EBP, enfocado no solo en organizar los esfuerzos aislados, individuales o grupales en secuenciación genómica y de consolidarlos, sino en establecer estándares de calidad de la secuencia con el fin de sacarles el máximo partido. “Hay todo un entusiasmo con este proyecto, cada vez más se vislumbra la posibilidad de que es una meta alcanzable la de secuenciar a todas las especies eucarióticas a nivel global. A nosotros nos interesa partir por representantes de los grupos taxonómicos, es decir, de cada una de las familias de aves, mamíferos, anfibios, reptiles, etc. Y de ahí hacia abajo, obviamente también incluyendo a las plantas. Es interesante señalar que en Chile tenemos muchas familias que son endémicas, es decir, que hay representantes acá en Chile y no en otras partes del mundo”, señaló.
Sobre Earth BioGenome Project
Tras los primeros años del EBP (2018-2020), la meta para la siguiente etapa, que culmina el 2023, es producir genomas de referencia para unas 9.400 familias taxonómicas. Hasta ahora, los proyectos afiliados han generado unos 200 genomas de referencia, mientras están siendo secuenciados, ensamblados y anotados más de 3.000 genomas que estarán disponibles hacia fines del 2022, representando con ellos alrededor de un tercio de la meta de la fase 1.
A diciembre de 2021, el proyecto ya abarcaba a 44 instituciones miembros en 22 países en todos los continentes, contando con la participación de unos 5 mil investigadores en total. En EBP participan 49 proyectos afiliados, cuyos intereses cubren los mayores grupos taxonómicos eucarióticos, los cuales tienen acceso a decenas de miles de muestras obtenidas de museos, colecciones o expediciones biológicas. También se ha afiliado recientemente “Global Virome Project”, una iniciativa que busca descubrir nuevos virus que puedan ser amenaza de futuras pandemias.
Respecto a la publicación de los recientes artículos que dieron inicio a la nueva etapa del proyecto, el Dr. Harris Lewin, líder de la iniciativa y profesor de la University of California, Davis, indicó que “este número especial de PNAS captura la esencia del EBP, así como la promesa que representa el Proyecto coordinado a escala mundial más importante en la historia de la biología (…) Desde la ciencia fundamental hasta aplicaciones innovadoras que responden a una serie de amenazas globales, como la pérdida de biodiversidad y la adaptación de los cultivos al cambio climático, este avance en el proyecto EBP nos llena de inspiración y de humildad. Alcanzar la meta de secuenciar los genomas de todas las especies eucarióticas ahora parece a nuestro alcance”.
Lanzada en noviembre de 2018, la meta del proyecto EBP es obtener un catálogo de secuencias genómicas que comprenda la totalidad de los 1.8 millones de especies de plantas, animales, hongos y eucariontes unicelulares.
El planeta Tierra perderá alrededor de un 50 por ciento de su biodiversidad hacia el final de este siglo, sin mediar acciones que mitiguen el cambio climático y que protejan la salud de los ecosistemas a nivel global. En este sentido, la creación de una biblioteca digital de las secuencias de AND de la vida eucariótica puede ayudar a generar herramientas eficaces para la conservación de la biodiversidad, control en la diseminación de patógenos, el monitoreo y la protección de los ambientes y la potenciación de los servicios ecosistémicos.