El rector de la Universidad de Chile dijo que, "Si bien nuestra posición al proyecto es crítica y consideramos que debiera ser reformulado completamente, ya que no soluciona los problemas de fondo de la falta de regulación del sistema de educación superior y sólo busca dar un marco legal para que algunas universidades privadas, en una aplicación falsa de la ley que lo prohíbe, sigan lucrando, hemos considerado pertinente proponer un conjunto de indicaciones que al menos materialicen la prohibición de fines de lucro de las Universidades".
El rector dijo además que "de conformidad a lo que hemos planteado hasta la fecha, las indicaciones que hemos propuesto tienen por objeto establecer explícitamente en el Proyecto de Ley la prohibición de que las universidades realicen operaciones con personas relacionadas, salvaguardando así su naturaleza de instituciones sin fines de lucro. Con ello se pretende establecer una separación radical entre la entidad de educación superior y quienes realizan negocios lucrativos con la institución, evitando que los controladores o directivos de dichas instituciones, o sus familiares, ya sea actuando como persona natural o a través de una persona jurídica, realicen operaciones que vayan en su directo beneficio personal a costa de las mismas y de la calidad de la educación que proporcionan. Así, esperamos evitar que se repitan episodios como los vividos en la Universidad del Mar, a raíz de los arriendos pagados por la Universidad a sociedades inmobiliarias de sus propios dueños o controladores".
Adicionalmente, el rector dijo que: "la propuesta considera, a través de un artículo transitorio, los mecanismos de control necesarios para que la modificación propuesta se implemente de manera transparente por parte de las instituciones, sin dejar espacio para que antes de la entrada en vigencia de la ley se realicen, por parte de los controladores, operaciones que puedan implicar un perjuicio para la Universidad".
Para estos efectos, el rector propone que en ese artículo transitorio se establezca que las instituciones deban "informar a la Superintendencia los contratos con personas relacionadas vigentes a la fecha de entrada en vigencia de la presente ley así como aquellos celebrados dentro del periodo de veinticuatro meses anteriores a la fecha de publicación de la ley, y las medidas a implementar para reemplazar los servicios asociados a dichos contratos así como la fecha en que dichos contratos dejarán de regir, la que en ningún caso podrá exceder de 6 meses contados desde la vigencia de la presente ley. Asimismo queda estrictamente prohibida la celebración de contratos con personas relacionadas por parte de las universidades o la modificación de las condiciones contractuales de los mismos en beneficio de la persona relacionada, a contar de la entrada en vigencia de esta ley".
Además, en el entendido que la educación es un bien público que se debe cautelar estableciendo los mecanismos de control y fiscalización de los recursos públicos pertinentes, que son de todos los chilenos, el rector Víctor Pérez Vera considera que por razones de fe pública se debe exigir, de una vez por todas, que las instituciones de educación superior que directa e indirectamente reciban recursos fiscales queden sometidas a:
a) los principios de transparencia activa y pasiva en los mismos términos establecidos en la Ley N°20.285, sobre acceso a la información pública;
b) Ley N°19.886 de bases sobre contratos administrativos de suministro y prestación de servicios, en lo relativo a la contratación de servicios que contrate la universidad;
c) La fiscalización de la Contraloría General de la República en cuanto al uso de los recursos públicos que directa e indirectamente reciban las instituciones de educación superior.