Hace casi un mes el Centro para la Regulación del Genoma (CRG), liderado por el académico de la Facultad de Ciencias de la U. de Chile, Miguel Allende, inició la secuenciación de muestras de genoma de SARS CoV2, colaborando con la labor que hasta entonces venía realizando el Instituto de Salud Pública (ISP).
Con muestras provenientes de Puerto Natales, Santiago, Viña del Mar, Puerto Montt, Cabo de Hornos y diversas comunas de Santiago, el CRG comenzó el pasado 15 de abril la iniciativa, convirtiéndose en la única entidad del país que actualmente está contribuyendo con esta labor al ISP. "Estuvimos en contacto con el ISP para tratar de apoyar en la parte de secuenciación.
A nosotros nos interesaba hacer un aporte, primero ampliando la capacidad de secuenciación del ISP -que utiliza una tecnología distinta a la nuestra-, y también para poder prepararnos en la parte diagnóstica", por muestras secuenciadas en el país, logrando tener una representación mejor de las variantes del virus que están presentes en Chile y sobre todo en regiones, explicó el profesor Allende. “Ya estamos en colaboración con centros de regiones que nos van a mandar nuevas muestras. Con esto esperamos contribuir desde de la genómica a lo que está pasando”, agregó.
Este trabajo, en el cual coopera también el Centro de Modelamiento Matemático (CMM) de la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas, permitirá establecer una trazabilidad del virus en Chile, identificar nuevas variantes en el país, y poder hacer una descripción de éstas, y así poder colaborar en el desarrollo de herramientas como vacunas y nuevos test.
Conociendo el SARS CoV2
La secuenciación del genoma del SARS CoV2 -virus que causa la enfermedad del COVID-19, que actualmente mantiene a gran parte del planeta sumido en una crisis sanitaria-, permitirá establecer una trazabilidad del virus en Chile, identificar nuevas variantes en el país, y hacer una descripción de éstas, pensando que puede haber algunas más patogénicas o virulentas que otras.
“Nos interesa mirar todo el país, porque lo más importante es que como los virus generan variantes, uno los puede seguir por su huella genética, que se obtiene con esta secuenciación. Por ejemplo, si llegaran nuevas variantes a Chile, podríamos detectarlas mediante monitoreo. También en lugares donde no ha entrado el virus, podríamos saber de dónde viene, en el caso que llegara. Uno puede hacer una cierta trazabilidad de todo el sistema de contagio”, explicó el director de CRG respecto a la relevancia de poder obtener esta información.
La secuenciación del virus también permitiría describir las variantes y establecer, por ejemplo, si hay alguna más agresiva en términos de contagio. En Chile actualmente se han identificado dos variantes del SARS CoV2: la variante S, proveniente de Asia, y la variante G, proveniente de Europa. Respecto a éstas, el profesor Allende señaló: “Aparentemente no hay diferencias en su virulencia entre estos dos grandes grupos, pero en realidad no hay un estudio muy detallado de eso porque no ha pasado mucho tiempo. La idea es ver si hay una correlación de mayor mortalidad o severidad en la infección o que afecte más a un grupo etario que a otro. Y así con las demás variaciones en el genoma del virus, porque finalmente lo que vamos a tener que ver es si todos los virus son iguales y cuáles son los más peligrosos. Es muy importante tener esta información como respaldo para cuando nos hagamos esas preguntas, y ojalá tenerlas lo antes posible para poder hacer esas correlaciones”.
La identificación y descripción de las variantes de este virus será clave para el desarrollo de nuevas herramientas vinculadas al virus. “Por el lado más biotecnológico es posible que en Chile, por ejemplo, predomine una variante, y es muy importante que estemos seguros de que, si se hacen vacunas y las vamos a aplicar acá, sean efectivas contra esas variantes”, puntualizó el Dr. Allende.
Asimismo, la secuenciación del genoma del SARS CoV2 se vincula con la parte diagnóstica, porque probablemente los test que actualmente se hacen para detectar el virus van a tener que cambiar al hacerse más masivos, y ahí van a entrar a operar otras tecnologías que van probablemente incluirán la secuenciación, lo que haría también relevante este tipo de investigación.
Sobre el proyecto
Actualmente, el proyecto está secuenciando alrededor 10 y 20 genomas semanalmente, trabajo en el que colabora el Laboratorio Mathomics del CMM, grupo que está formado por Dante Tarvisany y el ingeniero Ricardo Palma.
“Pensando en el material que tenemos ahora le pusimos al proyecto el nombre de 100 genomas, pero estamos tratando de importar material nuevo para poder secuenciar más. Eso va a depender de la disponibilidad de material de las empresas que nos rodean”, detalló el profesor Allende, quien espera tener tanto reactivos como muestras disponibles para poder exceder la meta inicial.
Actualmente las tareas de ensamble de los genomas y algunos análisis bioinformáticos posteriores, se trabajan en colaboración entre el CRG y el CMM.
“Este es un genoma pequeño de 30 mil pares de base, aproximadamente. Estamos ensamblando en el día las secuencias que recibimos desde el CRG”, señaló Alejandro Maass, director del CMM, respecto a los volúmenes de datos que se procesan para esta labor, enfatizando de todos modos que “en los análisis posteriores podemos ser más ambiciosos y eso puede escalar el cálculo a muchas operaciones, lo que requiere del uso de la infraestructura del Centro Nacional de Cálculo de Alto Rendimiento del CMM”.
En línea con lo planteado por el doctor Allende, el profesor Maass destacó: “En mi impresión los más importante ahora son los análisis comparativos de todas las secuencias del virus secuenciadas en Chile y el mundo, las que son miles. Esto es: entender las variantes de una secuencia a otra y entender si ellas tienen consecuencias en el funcionamiento del virus”.
Repositorio Nacional
La proyección de este trabajo no se limita a la labor que hoy ambos centros llevan adelante. El CRG está desarrollando un Repositorio de Muestras Nacional, que permita tener el mayor número almacenado de muestras, y poder así extender los análisis a partir de éstas. El objetivo, indica el profesor Allende, es "permitir a cualquier persona acceder a ellas y que puedan ver las relaciones filogenéticas entre las distintas variantes existentes en Chile".
Actualmente, el ISP tiene como norma que las muestras se guardan por un mes y después se destruyen, y este repositorio que se está coordinando con los ministerios de Ciencia y Salud, y con el ISP, con el fin de que todos los centros que estén secuenciando puedan mandar sus muestras para ser almacenadas, y con ellas avanzar en la investigación de estas mismas.
“No estamos secuenciando porque sí, queremos tener información que después esté a disposición del país y las autoridades para tomar decisiones, y mientras más información de este tipo tengamos, habrá más herramientas para poder tomar mejores decisiones”, concluyó Allende.